これまでにMeRT℠ 治療で確認された副作用はごく限られています。最も多く報告されているのは刺激部位の軽度の頭痛で、通常1〜2時間ほど続き、市販の鎮痛薬で対処できます。

そのほかに考えられる副作用としては、ドーパミン放出に伴う多動、過刺激、気分の高揚などがあります。また、脳刺激による発作のリスクが1万分の1ほど存在しますが、MeRT℠ 治療ではこのリスクを抑える設計が行われています。

Brain Treatment Centerでは、こうした発作リスクをさらに低減するため、刺激強度を抑えて運用しています。